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kegg通路图含义

KEGG通路图含义

KEGG,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因和基因组百科全书,是一个整合了基因组信息、化学信息和系统功能信息的数据库。其中包含有大量的通路图,即KEGG PATHWAY。

KEGG PATHWAY数据库是手动绘制的代谢通路的集合,包含以下几方面的分子间相互作用和反应网络:新陈代谢、遗传信息加工、环境信息加工、细胞过程、生物体系统、人类疾病、药物开发。KEGG pathway标识符由一个与数据库相关的前缀加五个数字构成,这些前缀主要包含map,ko,ec,rn和三字母或四字母生物体代码,例如hsa00010(人的糖酵解通路)。KEGG pathway主要使用下面显示的符号绘制和更新路径图。

PATHWAY的五种类型:第一种参考通路(reference pathway)图是手动画出来的,即是由内部软件KegSketch手动绘制的原始版本,其他的通路图都是通过计算产生的。pathway中的每一个框(或线)都对应一个或多个K编号、EC编号及R编号。

1)map -Reference pathway对于代谢相关的通路,在reference pathway中,一个点同时表示一个基因、这个基因编码的酶及这个酶参加的反应

2)ko -Reference pathway (KO)ko通路中的点只表示基因, 即K编号表示一个基因,是ko通路中的基本单位

3)ec -Reference pathway (EC)ec通路中的点只表示相关的酶

4)rn -Reference pathway (Reaction)Reaction通路中的点只表示改点参与的某个反应、反应物对及反应类型

5)org- Organism-specific pathway map对于所有的代谢和非代谢通路,K编号都被认为是基因的标识符,这个标识符在每一个物种中对应该物种中的某个基因,从而得到物种特异性的pathway。

kegg通路图含义.txt · 最后更改: 2022/09/08 02:27 由 zhangxin