kobas 3.0富集结果为空,文件中有表头,但是没有一个通路有富集结果。如下图:
如果排除因gene注释问题,导致的无结果,可以考虑是否物种db文件中GeneEntrezGeneIds表为空,检验方法如下
sqlite3 *db .table #查看有哪些表,主要关注GeneEntrezGeneIds GeneRefSeqProteinIds GeneUniprotkbAcs GeneEnsemblGeneIds select * from GeneEntrezGeneIds; #查看是否有输出,确认这个4个表中哪个为由内容的表
通过上述方法找到有内容的表后,如最终确认GeneEntrezGeneIds中无内容,则更改注释文件中第二行,默认如图
如果会从GeneEntrezGeneIds表中找,如果为空,则可能会导致无结果。 使用db中的表与注释文件表头的对应关系为
##Method: ID mapping (entrez_gene_id) | GeneEntrezGeneIds |
---|---|
##Method: ID mapping (refseq_protein_id) | GeneRefSeqProteinIds |
##Method: ID mapping (uniprotkb_ac) | GeneUniprotkbAcs |
##Method: ID mapping (ensembl_gene_id) | GeneEnsemblGeneIds |
非##Method: ID mapping (*)格式,如上图 | GeneEntrezGeneIds |
选择合适的表头,在进行富集即可。