结合TCGA数据库中某个癌症数据进行MSI微卫星不稳分析

mRNA

sh /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/liuyan/2022_Q4/MSI.sh

需要在run.sh内修改部分读入文件

第一步：与老师确定本次项目分析所用的数据studyId可展示cBioPortalData包中包含的数据

第二步：将脚本中id改为老师指定的数据编号，sh /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/liuyan/2022_Q4/MSI.sh

MSI值绘制箱型图msi.pdf

参考https://mp.weixin.qq.com/s/LpepTq8LeE7LGCxyIRs65Q TCGA的微卫星不稳定性数据获取和可视化

MSI分数默认阈值0.4，高于阈值为MSI-H，低于阈值为MSS(无明显的MSI出现) 某些癌症疾病中MSI-H > MSI > MSS预后