群体结构中的PCA分析

进行PCA分群；

1. 配置文件：

文件夹中需要准备好文件：

1号染色体的vcf及索引文件；
全部染色体的vcf文件及索引文件；
（备注：注意染色体是否有chr，及需要过滤等位基因情况：vcftools --gzvcf all.snp.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --max-alleles 2 --min-alleles 2 --stdout | gzip > snp.merged.vcf.gz）

配置脚本：
python IBD_PCA.plot.py --vcf snp.merged.vcf.gz --out all.snp

运行脚本：

/TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/03.CANCER/WES.P101SC18111642-01.hebing.gvcf.20230130/PCA/pca_IBD.sh
qsub 投递

all.snp.pca.pdf

示例路径： /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/03.CANCER/WES.P101SC18111642-01.hebing.gvcf.20230130/PCA