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picrust2功能预测分层级展示

需要配置的文件

picrust2ko预测结果中level2层级的绝对丰度表:

  1. 如果存在分析路径,即为functionPrediction/picrust2/KO_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv.gz
  2. 如果是交付路径,即为functionPrediction/functionResult/picrust2/predicted/KO_metagenome_descrip.tsv,需要删除第二列注释信息,按照第三步脚本处理
  3. 删除压缩脚本为 awk 'BEGIN {FS=“\t”; OFS=“\t”} { $2=“”; sub(“\t\t”, “\t”); print $0 }' KO_metagenome_descrip.tsv | gzip > pred_metagenome_unstrat.tsv.gz

样本信息:sample.list

分组信息:group.list

韦恩图分组信息:venn_group.list

组间物种差异性分组信息:vs_group.list

主脚本

''/TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/jiaoben/Picrust2/bin/picrust2.py''

运行脚本

复制修改/TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/jiaoben/Picrust2/work.sh下的配置文件路径(可以添加柱状图展示个数-bar_top参数和热图展示个数-heat_top参数)直接sh运行,刷出输出路径的log目录,会提示已创建修改权限:change_mod.sh,请优先运行修改权限脚本。

sh change_mod.sh

进入log,运行toudi.sh即可跑完全部分层级和可视化步骤

''/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HUMANn3/software/conda/envs/python3/bin/python /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/jiaoben/Picrust2/bin/picrust2.py \
  -i /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/script/picrust2_level/pred_metagenome_unstrat.tsv.gz \
  -o /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/jiaoben/Picrust2/test \
  -sl /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/script/picrust2_level/sample.list \
  -gl /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/script/picrust2_level/group1.list \
  -vs /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/script/picrust2_level/venn_group1.list \
  -tl /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/script/picrust2_level/vs_group1.list''
picrust2功能预测分层级展示.txt · 最后更改: 2024/07/29 06:52 由 chenlei