群体进化分析

群体进化分析,原流程投递节点方式已经固定，售后人员无法使用

原始数据，参考基因组信息，分组信息

脚本示例 ： vcftools –vcf 20F.vcf –TajimaD 500000 –step 250000–out TajimaD

#/TJPROJ10/CCX/Share/Pipeline/Population/test/test_pipe/
#python /TJPROJ2/GB/PUBLIC/source/GB_PAG/Pop_evolution/pop_pipeline.py
/TJPROJ2/GB/PUBLIC/source/GB_PAG/Pop_evolution/目录下，分析的每一步投递都默认为afsreseq.q 和all.q
python /TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/GWAS/PopEvolution_pip/pop_pipeline.py  \
	--out_dir `pwd` \
	--pre goose \
	--ref /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/07.PopEvolution/X101SC22125155-Z01-J001_ROH/ref/goose.assembly.fasta \
	--len_	1113841873 \
	--project_id X101SC22125155-Z01-J001 \
	--queue afsreseq.q \
	--gff /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/07.PopEvolution/X101SC22125155-Z01-J001_ROH/ref/goose.gene.gff \
	--pop /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/07.PopEvolution/X101SC22125155-Z01-J001_ROH/group.list \
	--chrlist /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/07.PopEvolution/X101SC22125155-Z01-J001_ROH/ref/chr.list \
	--steps 1234567 \
	--bwa_type rmdup \
	--keggspecies ath \
	--gap 1 \
	--U 5.27e-09 \
	--psmcpop "-a SC-2,SC-1 -a SD-2,SD-1" \
	--grouplist /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/07.PopEvolution/X101SC22125155-Z01-J001_ROH/group.list \
	--groupname /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/07.PopEvolution/X101SC22125155-Z01-J001_ROH/all.group \
	--cleanlist /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/07.PopEvolution/X101SC22125155-Z01-J001_ROH/all.clean.list \
	--raw_lst /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/07.PopEvolution/X101SC22125155-Z01-J001_ROH/raw.list

#流程每个分析点都很独立，调用的软件及分析节点不同，–queue 参数指定的节点只有qc一部，其余分析都已经写死在每一步的投递脚本中， #因交付和售后没有公共节点，且无法添加新的节点，造成售后使用及其不方便，整套流程迁移