qiime降维分析相关
qiime2新流程
pcoa：
加权、非加权unifrac距离、jd距离、bc距离 使用qiime2软件， qiime2插件：qiime diversity core-metrics-phylogenetic 初始输入文件： rooted-tree.qza（树文件：仅在计算加权、非加权unifrac距离的时候用到，qza是qiime2专用格式） featureTable.sample.total.even.qza（均一化后的绝对丰度表：qza是qiime2专用格式） 获得四种距离的pcoa结果 使用R脚本根据pc1和pc2绘图 交付的结果中有pc1和pc2的数据
pca：
输入文件：相对丰度表 使用R包ade4包进行主成分分析，ggplot2绘图
NMDS：
输入文件：使用qiime2的四种距离结果，使用vegan包获得NMDS结果，ggplot2绘图
qiime降维分析相关.txt · 最后更改: 2023/06/16 03:22 由 mengyanliang
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