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rawreads去重

简介

一些售后项目,由于前端交付原因,导致00.RawData中部分数据存在重复情况,老师无法上传NCBI,需要进行剔除,针对这一问题编写了这份小脚本,方便处理重复数据

数据准备

**双端 fastq.gz 文件*

处理过程

1.序列剔重

/TJPROJ5/META_ASS/script/yuxi/work/miniconda3/bin/python /TJPROJ5/META_ASS/script/yuxi/script/fqDelRepeatReads.py F*-1a_L1_AW71_1.fq.gz new_AW71_1.fq.gz
/TJPROJ5/META_ASS/script/yuxi/work/miniconda3/bin/python /TJPROJ5/META_ASS/script/yuxi/script/fqDelRepeatReads.py F*-1a_L1_AW71_2.fq.gz new_AW71_2.fq.gz

2.序列校正排序

/TJPROJ5/META_ASS/script/yuxi/work/miniconda3/bin/python /TJPROJ5/META_ASS/script/yuxi/script/orderfq.py F*-1a_L1_AW71_1.fq.gz F*-1a_L1_AW71_2.fq.gz new_AW71_1.fq.gz
/TJPROJ5/META_ASS/script/yuxi/work/miniconda3/bin/python /TJPROJ5/META_ASS/script/yuxi/script/orderfq.py F*-1a_L1_AW71_1.fq.gz F*-1a_L1_AW71_2.fq.gz new_AW71_2.fq.gz

示例路径:

/TJPROJ5/META_ASS/script/yuxi/script/fqDelRepeatReads
rawreads去重.txt · 最后更改: 2022/09/26 10:06 由 yuxi