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raxml

简介

使用多线程或并行化使用最大似然法构建进化树,输入文件为phy格式

功能

构建进化树。

数据准备

1 样本名称列表 例如: /TJPROJ6/CCX/Project/Population/X101SC22032953-Z01_kunming100RAD_why/04.pts/01.lianshe/group_id

2 群call 的vcf文件 例如: /TJPROJ6/CCX/Project/Population/X101SC22032953-Z01_kunming100RAD_why/03.snp/01.lianshe/04.filter/Var-dp2-miss0.1-maf0.05.vcf.gz

数据分析

脚本示例 : /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/QunTiJinHua_afssale/RAxML_RandomizedAxeleratedMaximumLikelihood/RAxML_major.sh

/TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/05.AFS/FusionGenes/FusionGenes_crest/PC9_ER/PC9_ER.crest.annotate.sh
raxml.txt · 最后更改: 2023/03/24 06:37 由 liangjifeng