ROH（Regions of Homozygosity）是指基因组中的一段连续纯合区域。一般认为 ROH 受到近交、群体隔离、连锁不平衡等因素影响，也有研究认为 ROH 可能与选择相关。

预测ROH

单个样本的vcf文件 *.samtools.snp.vcf.gz

1 使用vcftools将vcf文件转换成为 tped 文件

/TJPROJ2/RESEQ/share/software/vcftools_v0.1.14/bin/vcftools \
    --gzvcf  *.samtools.snp.vcf.gz  \
    --plink-tpe   \
    --out  *    --plink-tped   \
    --out  meihualu152

* 为样本名称

2 使用plink 根据 tped和tfam 计算ROH

/TJPROJ2/RESEQ/share/software/PopEvolution/software/plink-1.07-x86_64/plink  \
    --noweb     \
    --tped *.tped     \
    --tfam *.tfam     \
    --allow-no-sex     \
    --homozyg-density 5    \
    --homozyg-window-het 1    \
    --homozyg-window-kb 100    \
    --homozyg-window-snp 10     \
    --homozyg-kb 100     \
    --homozyg-snp 5    \
    --dog    \
    --homozyg-group    \
    --out *

* 为样本名称

示例脚本：

/TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/QunTiJinHua_afssale/ROH_RegionsofHomozygosity/roh_major_run.sh