通过snp序列获得snp距离矩阵

一、需求说明

如题所示

1.首先通过snp_matrix2mfa.pl脚本将各个样本的snp结果转换为fa格式的序列文件

转化为

2.执行

/TJPROJ6/RNA_SH/software/conda/conda/envs/snp-dists_0_8/bin/snp-dists snp.mfa > distances.tab

获得snp距离矩阵

3.如需要获得下三角矩阵，可以使用路径下deal.py脚本

/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/Resistance_Sniffer/snp-dists_0_8