ssGSEA(single sample GSEA) 单样本的GSEA分析

ssGSEA原理类似于GSEA，不同的是GSEA是根据差异分析结果中的log2（FC）进行排序，ssGSEA是根据absolute expression进行排序的。 ssGSEA计算给定基因集的富集分数，用该分数表示样本中的表达基因的富集程度。

GSVA(Gene set variation analysis)

计算每个sample的GSEA然后得出类似pathway enrich score，把富集分数矩阵当作芯片的表达数据一样，再用limma包分析差异基因

Rscript /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/ssGSEA_GSVA/ssGSEA_GSVA.R -h
usage: /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/ssGSEA_GSVA/ssGSEA_GSVA.R [--] [--help] [--opts OPTS] [--condition   CONDITION] [--fpkm FPKM] [--gmt GMT] [--compares COMPARES] [--fc FC] [--pvalue PVALUE] [--padj PADJ] [--outdir OUTDIR] 
flags:
-h, --help			show this help message and exit
optional arguments:
-x, --opts OPTS		RDS file containing argument values
-c, --condition CONDITION	the condition file
-f, --fpkm FPKM		the fpkm file
-g, --gmt GMT			the gene set file
--compares COMPARES		the compares name,split by , 
--fc FC			the foldchange value
-p, --pvalue PVALUE		the p value
--padj PADJ			the p adjust value
-o, --outdir OUTDIR		the output dir

ssGSEA_result.xls ：ssGSEA结果

GSVA_result.xls ：GSVA通路富集分数结果

ssGSEA_heatmap* ：ssGSEA结果热图展示

GSVA_heatmap* ：GSVA通路富集分数结果热图展示

*_GSVA_diff_GeneSets_result.xls ：比较组合的GSVA结果

*_GSVA_diff_GeneSets_all.xls ：根据fc和padj/pvalue筛选出差异通路结果

*_GSVA_diff_GeneSets_up.xls ：根据fc和padj/pvalue筛选出上调通路结果

*_GSVA_diff_GeneSets_down.xls ：根据fc和padj/pvalue筛选出下调通路结果

GSVA差异结果可利用流程中绘制火山图的脚本稍作修改，便可绘制火山图。

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