标准ED法

1 参考基因组及索引 2 准备gff3和功能注释文件。 格式例如/TJPROJ6/CCX/DataBase/Brassica/Brara_Chiifu_V3.5/new_Brara_Chiifu_V3.5.gff

脚本示例 ： /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/BSA_afssale/standard_GPS/standard_GPS_major.sh

perl /TJPROJ10/CCX/Share/Pipeline/GPS/GPS/createGPSPipeLineShellv1.pl \
	-cfg rawData.info \
	-fa /TJPROJ6/CCX/DataBase/Brassica/Brara_Chiifu_V3.5/Brara_Chiifu_V3.5.fa \
	-faUrl http://39.100.233.196:82/download_genome/Brassica_Genome_data/Brara_Chiifu_V3.5/Brara_Chiifu_V3.5.fa.gz \
	-gff /TJPROJ6/CCX/DataBase/Brassica/Brara_Chiifu_V3.5/new_Brara_Chiifu_V3.5.gff \
	-anno /TJPROJ6/CCX/DataBase/Brassica/Brara_Chiifu_V3.5/gene.genenames \
	-projID X101SC22101493-Z01 \
	-outDir ./anlasis \
	-p1 NHCC076_F \
	-p2 NHCC049_M \
	-pool HC1,HC2,HC3  \
	-appPathFile /TJPROJ10/CCX/Share/Pipeline/GPS/GPS/appPath.info \
	-split NO \
	-projname 都市研究所5个样本BSA测序分析技术服务（委托）合同 \
	-chrnum 10