PCAMP（Pair-wise Comparison Analysis for Multiple Pool-seq）多池成对比较分析，是在BSA混池测序，index计算的基础上延伸的分析方法。PCAMP是对BSA分析的优化。 原理：根据目标性状表现型对分离群体中的个体分别进行分组混合，将群体中的个体或株系依据目标性状的相对差异分成三组到多组，然后将组内的个体或株系DNA混合，形成相对的DNA混合池。对亲本和子代混池进行建库测序，检测SNP，然后根据亲本间纯和差异的位点，计算子代池的index值，通过对多组BSA组间的差异化和共同化分析，获得性状相关区域和性状相关位点。 BSA的双极端池，可以有效的筛选出控制性状的主要基因。但是面对一个群体中的一个性状，有时是多基因控制的性状，这种性状，由于有主效和微效基因相互干扰，在仅仅只有两个极端池的情况下，无法完全筛选出全部的相关基因。

1 参考基因组及索引 2 准备gff3和功能注释文件。 格式例如/TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/BSA_afssale/standard_PCAMP/example.gff3

脚本示例 ： /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/BSA_afssale/standard_PCAMP/standard_PCAMP_major.sh

perl    /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/BSA_afssale/00.bin/createQTLseqMutMapPipeLineShellv1_more_bsa.pl  \
    -type   MORE   \
    -cfg    rawData.info  \
    -fa     /TJPROJ5/CCX/Project/BSA/X101SC21120787-Z01_huanan6tao_wmy/index/IRGSP-1.0_genome.fasta  \
    -faUrl  https://rapdb.dna.affrc.go.jp/download/archive/irgsp1/IRGSP-1.0_genome.fasta  \
    -gff  /TJPROJ5/CCX/Project/BSA/X101SC21120787-Z01_huanan6tao_wmy/index/new_transcripts.gff  \
    -anno  /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/BSA_afssale/standard_PCAMP/gene.genenames  \
    -projID  X101SC21120787-Z01-J005   \
    -outDir ./  \
    -p1 WT998  \
    -p2 MU998  \
    -s1 L1  \
    -m L2  \
    -s2 L3  \
    -num 30  \
    -popty F2    \
    -indel y  \
    -appPathFile /TJPROJ10/CCX/Share/Pipeline/BSA/00.bin/appPath.info  \
    -projname 华南农业大学一批样本+BSA测序的分析技术服务（委托）合同  \
    -yourname wangmingyuan