疾病STR分析

分析疾病数据微卫星，得到vcf格式的结果；

1. 配置文件：

环境变量：source /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/new_bash_profile/0118/disease_bash_profile

配置脚本：
python /ifs/TJPROJ3/DISEASE/share/Disease/LobSTR/lobSTR.py --sampleID S1 --fq1 MSIH_1_N_MSIH_1_N_rawdata_L2_1.clean.fq	--fq2 MSIH_1_N_MSIH_1_N_rawdata_L2_2.clean.fq	--format fq	--out /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/06.gaoji/STR

运行脚本：

sh /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/06.gaoji/WES.X101SC21114747-Z01-J001.STR.20220406/STR/cmd.sh
sh 刷脚本；
进入样本文件夹sjm先投递lobSTR_GSC_210518_T.job

vcf文件； 注释结果；

示例路径： /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/06.gaoji/WES.X101SC21114747-Z01-J001.STR.20220406/STR/GSC_210518_T/lobSTR_GSC_210518_T/vcf