Tajima’s D是由日本研究员Fumio Tajima创建的群体基因检验统计数据，可以用于区分DNA序列是随机进化还是受到自然选择。大于0代表群体观测杂合度高于预期杂合度，稀有等位基因频率降低（群体收缩或者平衡选择），小于0说明群体观测杂合位点少于预期值，稀有等位基因频率增加（群体扩张或者低频选择）

群体基因检验统计，计算Tajima’D值和Pi值，并可视化

1 群体的vcf文件/ –gzvcf 压缩格式的群体vcf 文件

脚本示例 ： /TJPROJ2/RESEQ/share/software/vcftools_v0.1.14_step/bin/vcftools \

1. -gzvcf goose-dp5-miss0.2-maf0.05.vcf.gz \
2. -TajimaD 20000 \
3. -step 10000 \
4. -out goose

library(ggplot2)

data<-read.table("all_Tajima.D3",header=T)

pdf("all_TajimaD.pdf",width=15,height=15)
head(data)
#data1<-filter(data,CHROM!="YY")
data$CHROM<-factor(data$CHROM,)
p <- ggplot(data,aes(x=BIN_START/1000000,y=TajimaD,color=sample))+ facet_wrap(data$sample,ncol=1)+ geom_line(size=0.5) + xlab("Chromosome")+ ylab("TajimaD")
#p <- ggplot(data,aes(x=CHROM,y=TajimaD,color=CHROM)) + geom_line(size=0.5) + xlab("Chromosome1 (Mb)")+ ylab("TajimaD")

p + theme_bw(base_size = 20) + theme(plot.margin = margin(t = 1, r = 1, b = 2, l = 1, unit = "cm"))

dev.off()

PI分析同上