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脚本路径：

/TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/TE

测试路径：

/TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/TE

准备文件：

• 参考基因组
• 甲基化流程分析路径/报告
• 最少需要老师提供sort.bam文件

准备参考基因组 run.sh,prepare.sh
run.sh

     python /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/TE/reference/index_go_genenamefile.py \
       --fa /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/TE/reference/Rs_1.0.chromosomes.fix.fasta \(参考基因组fa文件)
       --gtf /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/TE/reference/Rs_1.0.Gene.LFY.gff \(gff文件)
       --dir /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/TE/reference/ \ (输出路径)
       --n 1,2,3 

bin文件夹内刷出流程，修改sjm_job内投递节点即可（原流程无节点）
prepare.sh

     python /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/TE/reference/Ref_prepare_v2.2.py \
       --genome /TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/202205/P101SC18020745-01/reference \ (fa文件存放文件夹)
       --gtf /TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/202205/P101SC18020745-01/reference/Rs_1.0.Gene.LFY.gff \ (gff文件）
       --goann /TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/202205/P101SC18020745-01/reference/go.txt \ (go.txt输出位置)
       --format gff \ 
       --CGI no \
       --repeats yes \
       --species Alternaria_alternata \ (物种/PUBLIC/source/RNA/WGBS_V7/Module/0.Prepare/Species.txt里有的)

0.log文件夹内输出流程，修改内部节点为rnash.q投递prepare.JOB 准备参考基因组后Genome_Reg/all/文件夹下需要有exon.bed,repeat.bed两个文件

TEs准备文件夹0.prepare prepare.sh
prepare.sh

  perl  /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/TE/associate_prepare.pl  \
       
       -beddir /TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/202205/P101SC18020745-01/reference/ \ (参考基因组文件夹,下层一定要Genome_Reg/all)
       -methydir /TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/202205/P101SC18020745-01/ \ (包含2.Map_Methy的目录,2.Map_Methy下需要有CX_report.txt，或者CX_report.txt_sorted.gz)
       -outdir /TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/202205/P101SC18020745-01/0.prepare \ (输出文件夹)
       -Biorepeat yes  \ (是否有生物学重复)
       -group YH_1:YH_2,F1_1:F1_2,LU127_1:LU127_2 \ (样本组内以:隔开，样本组间以,隔开)
       -groupname YH,F1,LU127 \ (样本组名)
       -compare 3:2,1:2,3:1 \ (比较组合)

0.prepare/log文件夹内刷出TE_Analysis_prepare.JOB流程修改内部节点投递

TE_level提交老师结果part1.sh
part1.sh

perl /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/TE/region_level.plot.V2.pl \
   --prepare_dir /TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/202205/P101SC18020745-01/0.prepare \ (0.prepare路径）
   --groupname YH,F1,LU127 \ (样本组名)
   --compare 3:2,1:2,3:1 \ (比较组合）
   --outdir /TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/202205/P101SC18020745-01/1.TE_level (输出路径)

sh part1.sh出结果

TEs分析包含2.Diff_TE 3.Enrich_TE但从大约2022年一月份开始差异富集TE分析未成功过本次测试不予测试
老师给sort.bam文件生成CX_report将在其他网页更新
本次测试在测试路径下未完成后续持续更新