售后

目前Trinity版本已升级到2.15.1版，参数有所改变，具体如下：

1.normalize中--max_pct_stdev 参数更改为--max_CV
2.TRINITY中--KMER_SIZE 参数更改为--__KMER_SIZE
3.recursive_trinity中partitioned_trinity_aggregator.pl脚本参数为 --token_prefix TRINITY_DN --output_prefix 

在刷完无参流程后，可以使用/TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/pip_example/X101SC24051157-Z01-J001-trinity-2.15.1/TRINITY_all在重新刷下Trinity相关的脚本。

另外，有老师认为迈维代谢的参数结果更好，–normalize_max_read_cov 50 , –min_kmer_cov 5 , –min_glue 10 ,–min_contig_length 300 , –__KMER_SIZE 31 ，不取最长转录本，使用全部过corset

我们流程中使用bowtie2比对，然后corset去冗余，去掉的冗余效果较差。尝试了corset官网的bowtie，比对上的reads极少，使用salmon软件定量，然后用corset去冗余，与迈维代谢结果的unigene的数量作为接近。

可以使用/TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/pip_example/X101SC24051157-Z01-J001-trinity-2.15.1/TRINITY_all_maiwei 重新刷新Trinity以及corset的相关脚本。

集群路径 /TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/pip_example/X101SC24051157-Z01-J001-trinity-2.15.1