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vfdb数据库更新

VFDB数据库更新

一、数据库更新说明

以2022年12月份VFDB官网下载(http://www.mgc.ac.cn/VFs/download.htm)的最新的数据库文件进行更新(VFDB_setA_pro.fas.gz与VFs.xls.gz)。

二、数据库路径

/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/VFDB_v2022

三、测试路径

/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/VFDB_v2022/example/
/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/VFDB_v2022/example2/

四、运行脚本及注意事项

perl /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/VFDB_v2022/bin/Advanced_Annotation_analysis.pl \
     --project /TJPROJ5/META_ASS/meta/mengyanliang/X101SC21102787-Z01/X101SC21102787-Z01-F012/cfx-20220816 \
     --Rinfo /TJPROJ5/META_ASS/meta/mengyanliang/X101SC21102787-Z01/X101SC21102787-Z01-F012/cfx-20220816/pj.list \
     --step c \
     --notrun
# 需要在05目录放一个FA_List/, 现在流程的FA_List/在03.GenePredict中,跑完流程会删除,需要重新生成一下
vfdb数据库更新.txt · 最后更改: 2023/01/10 03:59 由 mengyanliang