XP-CLR （cross-population composite likelihood ratio）：跨群体混合似然比法是利用群体间的等位基因频率的差异，对覆盖扩展连锁区域末端等位基因变异频率进行扫描，高XP-CLR的临近的窗口被聚集到同一种特征下，每一种特征代表一个单一选择扫描效应从而有效定位受正选择的位点。

检测基因组选择信号分析

单个样本的vcf文件 genotype矩阵，基因组索引等文件

1 示例路径

/TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/GWAS/XPCLR/01.test

2 分析脚本

geno=/TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/GWAS/XPCLR/01.test/test.chrz.geno.gz
list=/TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/GWAS/XPCLR/01.test/FT.vs.NFT
chr=/TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/GWAS/XPCLR/01.test/chr.list
genofile=/TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/GWAS/XPCLR/01.test/geno_file
xpclr=/TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/GWAS/XPCLR/00.bin/get_xpclr.pl
fai=/TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/GWAS/XPCLR/01.test/duck_chr_new.fa.fai
chr=/TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/GWAS/XPCLR/01.test/chr.list
genegenenames=/TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/GWAS/XPCLR/01.test/FTduck.gene.name
geneID=/TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/GWAS/XPCLR/01.test/FTduck.gene_ID
outpre=FT.vs.NFT
queue="afsreseq.q"
perl $xpclr -outDir ./ -list $list -geno $geno -chr $chr -geno_file $genofile -gd 2.8 -slidingwindowsize 0.1 -mostwindowSNP 300 -gridsize 10000 -cutoff 0.99 -fai $fai -chr $chr -genegenenames $genegenenames -geneID $geneID  -outpre $outpre -mis 2 -queue $queue

3 流程参数

-outDir 输出结果目录
-list 用来计算的群体信息，每个群体是一列
-geno 群体的基因型信息
-mis 过滤的mis值，不过滤填2（若基因型文件是已过滤的vcf生成的，则不必再过滤）
-chr 用来计算的染色体，XPCLR分染色体计算（染色体id必须为数字）
-geno_file 输出的单个染色体的基因型文件夹 （若存在则直接给目录）
-GD 基因组大小/物种遗传距离（单位Mb/cM） （根据物种不同自行配置）
-top 取top
-mostwindowSNP 窗口内最大SNP数（过高会影响计算速度，过低影响准确性）
-slidingwindowsize 窗口大小（单位为cM，用该值乘以GD即可得到窗口大小（物理））
-gridsize 步长
-cutoff 置信区间（一般0.95即可）

选择信号分析的相关表格和图片