| WikiPathways | WikiPathways测试记录 | 富集类 | 可以分析 | |
|---|---|---|---|---|
| CICERO | CICERO测试记录 | 融合基因 | 无法分析 | |
| Mutect2 | Mutect2测试记录 | snv indel | 可以分析 | |
| VEP | VEP测试记录 | snp indel注释 | 可以分析 | |
| fusioncatcher | fusioncatcher测试记录 | 融合基因 | 可以分析 | |
| RNAIndel | RNAIndel测试记录 | indel | 无法分析 | |
| AntiSmash | AntiSmash测试记录 | 次级代谢注释 | 可以分析 | |
| mMCP_counter | mMCP_counter测试记录 | 小鼠免疫细胞丰度 | 可以分析 | |
| RNA-SeQC | RNA-SeQC测试记录 | QC软件提供报告 | 可以分析 | |
| TCR | TCR测试记录 | RNA-seq 数据的 TCR 分析 | 可以分析 | |
| small靶基因预测 | small靶基因测试记录 | targetscan、miRmap、microT、PicTar | 部分可以分析（测试为动物） | |
| FerrDb数据库 | FerrDb数据库 | 注释类数据库 | 可做，限于人，根据gene name或者hgncid添加 | |
| 根据表达量进行免疫细胞丰度分析 | 免疫相关分析 | quanTIseq、EPIC、ImmuCellAI、TIMER、Xcell、MCPcounter、cibersort、estimate | 针对人，部分可适用于小鼠 | |
| bigWigMerge合并bigwig文件 | bigWigMerge合并bigwig文件 | 文件整理 | 可以分析 | |
| ssGSEA&GSVA | ssGSEA&GSVA | ssGSEA和GSVA分析 | 可以分析 | |
| regtools | regtools | AS分析 | 可以分析 | |
| GO曲线连接图 | 曲线连接图 | 曲线连接图绘制 | 可以分析 | |
| ppi网络图 | ppi网络图 | 网络图绘制 | 可以分析 | |
| MAnorm | chip | 差异分析 | 可以分析 | |
| RRHO | RRHO、RRHO2利用超几何分布迭代找到最佳overlapping基因组合 | 基于差异总表分析 | 可以分析 | |
| Oncofuse | Oncofuse | 融合基因致癌潜能预测 | 可以分析 | |
| enrichmentNetwork | enrichmentNetwork | 富集网络图 | 可以分析 | |
| mds | mds | 多维尺度分析（Multidimensional scaling，MDS） | 可以分析 | |
| 多个比较组合火山图 | 火山图 | 多个比较组合火山图 | 可以分析 | |
| 染色体上Reads分布图 | 条形图 | 染色体上Reads分布图 | 可以分析 | |
| 富集圈图 | 富集圈图 | 富集圈图 | 可以分析 | |
| 富集结果桑基图 | 桑基图 | 桑基图 | 可以分析 | |
| CIRCexplorer2软件鉴定circRNA | CIRCexplorer2 | circRNA鉴定 | 可以分析 | 冯洁 |
| Random_Forest随机森林 | Random_Forest | 随机森林 | 可以分析 | |
| humann2_rna_dna_norm | humann2_rna_dna_norm | humann2_rna_dna_norm | 可以分析 | |
| 基地坐标直方图/玫瑰图 | matplot | matplot | 可以分析 | 冯洁 |
| 加性分析 | 加性分析 | 加性分析 | 可以分析 | 冯洁 |
| miRNAcluster鉴定 | ShortStack | ShortStack | 可以分析 | 冯洁 |
| pfam富集分析 | pfam_enrich | pfam_enrich | 可以分析 | 冯洁 |
| 转录因子富集分析 | tf_enrich | 转录因子富集分析 | 可以分析 | 冯洁 |
| WTS_ce联合分析网络图修改节点形状 | WTS_ce_igraph | WTS_ce联合分析网络图修改节点形状 | 可以分析 | 冯洁 |
| 选择性多聚腺苷酸化分析_APAtrap | 选择性多聚腺苷酸化(APA)分析_-APAtrap | 选择性多聚腺苷酸化(APA)分析_-APAtrap | 可以 | 冯洁 |
| 病毒小RNA识别_vsRNAfinder | vsRNAfinder | 识别病毒sRNA | 可以 | 冯洁 |