微生物售后流程优化
售后流程优化
| 序号 | 适用产品 | 分析名称 | 分析内容 | 评估须知 | 开发时间 | 备注 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | meta | CARD PCA PCoA NMDS | 新增PCA,PCoA,NMDS分析点 | 2022/09/01 | ||
| 2 | meta | KEGG 基因数目统计图 | 按分组分别展示基因数目统计 | 2022/09/01 | ||
| 3 | meta | 环境因子 | 环境因子分析 | 2022/09/01 | ||
| 4 | qiime2 | 多样性指数 | 新增四种多样性指数 | 2022/09/01 | ||
| 5 | qiime1 | 物种基于wilcox检验做火山差异分析 | 通过wilcox筛选差异物种进行火山图展示 | 2022/07/01 | ||
| 6 | qiime1 | RawReads去重 | Raw中存在重复数据的情况，删除 | 2022/07/01 | ||
| 7 | qiime1 | 多分组Adonis分析 | 让Adonis分析更加灵活，适用多个分组 | 2022/07/01 | ||
| 8 | qiime1 | SparCC网络图构图文件流程 | 基于SparCC进行网络图绘制 | 2022/07/01 | ||
| 9 | qiime1 | ggcor相关性图绘制 | 基于ggcor进行物种或功能与环境因子相关性分析 | 2022/09/01 | ||
| 10 | qiime1 | 物种气泡图 | 展示top物种在各样品/分组中的分布情况 | 2022/09/01 | ||
| 11 | qiime1 | PLS-DA分析 | 基于ropls包的进行PLS-DA分析 | 2022/09/01 | ||
| 12 | qiime1 | 特征菌群分析 | 基于selbal包进行特征菌群分析 | 2022/09/01 | ||
| 13 | 单菌项目 | 最小生成树MST构建 | 使用phyloviz软件基于SNP的最小生成树构建 | 2022/10/24 | ||
| 14 | meta | humann3流程升级 | 升级软件、数据库和主脚本 | 2023/01/05 | ||
| 15 | meta | ARG-OAP流程优化 | 补充S选项分析流程 | 2023/01/05 | ||
| 16 | meta | CARD双圈图 | 按照分组出图 | 2023/01/05 | ||
| 17 | qiime | 单因素方差绘图 | 单因素方差分组柱状图 | 2023/01/05 | ||
| 18 | meta | 转移元件共线性分析 | 转移元件共线性分析绘图 | 2023/01/05 | ||
| 19 | meta | VFDB数据库更新 | VFDB数据库更新至2022版本 | 2023/01/05 | ||
| 20 | meta | VIRGO数据库 | VIRGO数据库串写及分析说明文档整理等 | 2023/01/05 | ||
| 21 | qiime | 优化复杂相关性图 | 增加物种跟代谢组或转录组等数据的相关性分析 | 2023/01/05 | ||
| 22 | qiime1 | PCoA圈图 | 增加和xy轴映射箱型图 | 2023/03/31 | ||
| 23 | meta | CARD | 抗性分类和抗性基因丰度获取 | 2023/03/31 | ||
| 24 | meta | HPB高级分析 | 抓结果脚本更新 | 2023/03/31 | ||
| 25 | 单菌 | SV | 根据SV变异位置，找到对应gff覆盖的基因名称 | 2023/03/31 | ||
| 26 | meta | MobileGeneticElement | 转移元件新文献中的数据库注释 | 2023/03/31 | ||
| 27 | qiime | 随机森林 | 随机森林选取全部数据集进行分析 | 2023/03/31 | ||
| 28 | 单菌 | snp_dist | 根据snp序列获得snp距离矩阵 | 2023/04/10 | ||
| 29 | qiime | BactDating | 系统发育树时序分析 | 2023/04/14 | ||
| 30 | qiime | Origin绘图 | Paired Comparison Plot | 2023/04/14 | ||
| 31 | qiime | kegg通路映射数据库 | KEGG pathway level1-3数据库更新自动化 | 2023/04/14 | ||
| 32 | qiime | picrust2高层级及module层级注释 | PICRUSt2 KEGG level1-3通路丰度柱状图和热图展示 | 2023/04/14 | ||
| 33 | meta | sankeyD3 | 宏基因组物种top10全层级桑基流向图（sankeyD3） | 2023/04/14 | ||
| 34 | qiime | 差异分析箱图 | 物种KW检验及willcox多重比较批量分析绘制 | 2023/07/05 | ||
| 35 | qiime | 扩增子新流程剔除物种售后小工具（基于cleandata） | 剔除物种 | 2023/07/05 | ||
| 36 | qiime | 扩增子新流程剔除物种售后小工具（基于已有结果） | 剔除物种 | 2023/07/05 | ||
| 37 | meta | 物种-功能丰度富集分析气泡图 | 物种功能气泡图 | 2023/07/05 | ||
| 38 | qiime | 扩增子-ancom差异分析 | 差异分析 | 2023/07/05 | ||
| 39 | meta | 基于unigene的转移元件分析 | isfinder数据库更新 | 2023/07/08 | ||
| 40 | 单菌 | coreSNP | 分析流程搭建 | 2023/07/08 | ||
| 41 | meta | Procrustes分析 | 基于NMDS的Procrustes分析流程 | 2023/07/08 | ||
| 42 | meta | Checkm2 | 对bins或基因组进行完整性和污染度的评估 | 2023/08/29 | ||
| 43 | meta | Busco | 评估基因组组装和注释的完整性的工具 | 2023/08/29 | ||
| 44 | 单菌 | virulencefinder数据库基于abricate | 毒力基因库数据 | 2023/08/4 | ||
| 45 | 单菌 | 原核生物基因组快速注释——Prokka | 基因预测 | 2023/09/27 | ||
| 46 | 扩增子 | 差异丰度分析gneiss | 平衡树 | 2023/09/27 | ||
| 47 | 都行 | 中介效应分析 | 寻找中介效应因素 | 2023/09/27 | ||
| 48 | 都行 | 似然比检验比较两个线性模型 | 线性混合模型比较 | 2023/09/27 | ||
| 49 | 都行 | 绘制两个时期连线图 | 物种在两个周期的变化 | 2023/09/27 | ||
| 50 | 单菌 | REALPHY构建SNP进化树 | REALPHY | 2023/09/27 | ||
| 51 | 仅限扩增子 | Flex Meta-Storms（FMS）算法重新计算β距离矩阵 | FMS | 2023/10/9 | ||
| 52 | 单菌 | DeconSeq去除基因组中的污染序列 | 排除污染序列 | 2023/10/10 | ||
| 53 | 扩增子 | iTOL绘制进化树 | tree100进化树 | 2023/9/27 | ||
| 54 | 扩增子 | 获得lefseBiomaker的丰度 | 通过fuzzywuzzy包获得lefseBiomaker的丰度 | 2023/10/17 | ||
| 55 | meta | HUMANn3流程优化 | 更新软件和数据库 | 2023/10/19 | ||
| 56 | 单菌 | KSNP4 | 构建coreSNP进化树 | 2023/10/25 | ||
| 57 | 都行 | 基于相关性的桑基图分析 | newworkDE | 2023/10/26 | ||
| 58 | 扩增子/meta | MicrobeCensus | 计算平均基因组大小 | 2023/11/23 | ||
| 59 | 扩增子 | 中心对数转换-lefse分析 | 中心对数转换 | 2023/12/25 | ||
| 60 | meta | metaWRAP | binning分箱 | 2023/12/27 | ||
| 61 | 扩增子 | BOLD database | 新增BOLD database | 2023/12/27 | ||
| 62 | 扩增子 | 16S和ITS数据距离矩阵相关性 | mantel test计算16S和ITS数据距离矩阵的相关性并绘图 | 2023/12/25 | ||
| 63 | all | 根据基因ID抓取功能注释信息 | 根据基因ID抓取功能注释信息 | 2023/12/26 | ||
| 64 | 单菌 | 查找目标基因并进行VFDB注释 | 样本中查找目标基因并进行VFDB数据库注释 | 2023/12/28 | ||
| 65 | 单菌 | 基于snp结果做GO-KEGG富集分析 | GO-KEGG富集分析 | 2023/12/28 | ||
| 67 | 单菌 | 基于snp结果做进化树 | gatk-snp结果raxml建树 | 2024/01/12 | ||
| 68 | 宏基因 | COBRA | COBRA提高组装质量 | 2024/03/07 | ||
| 69 | 扩增子 | table转report.json | 从下机路径获取样本 | 2024/03/07 | ||
| 70 | 扩增子 | 重写adonis_anoism_mrpp_amova | 任意对比组+任意距离 | 2024/03/22 | ||
| 71 | 扩增子 | Picrust2功能预测分层级展示 | kegg分层级展示 | 2024/04/01 | ||
| 72 | meta | Asgene数据库 | Asgene数据库注释 | 2024/03/28 | ||
| 73 | meta/扩增子 | ReporterScore富集分析 | 基于ko层级丰度数据进行富集分析 | 2024/03/28 | ||
| 74 | 单菌 | 框架图新流程 | 运行方法及指定spade组装 | 2024/04/07 | ||
| 75 | 单菌 | 基因组校正 | 对基因组根据参考基因组进行校正，Ragtag | 2024/04/09 | ||
| 76 | 扩增子 | MitoFish数据库 | MitoFish数据库更新 | 2024/04/09 | ||
| 77 | 通用 | 数据质控 | 两种情况下的rawdata转cleandata方法 | 2024/04/30 | ||
| 78 | qiime2 | picrust2 | 柱形图，热图，ttest分析显示详细功能名称 | 2024/05/06 | ||
| 79 | 单菌 | 框架图新流程生成clean | 生成cleandata | 2024/05/06 | ||
| 80 | qiime2 | qiime2 network | 边点文件提取 | 2024/05/06 | ||
| 81 | 单菌 | BPGA软件 | core-pan基因分析 | 2024/05/29 | ||
| 82 | 通用 | 多组间统计检验及事后检验 | 统计相关 | 2024/06/03 | ||
| 82 | 宏基因组 | 地化循环 | CNPS-cyc | 2024/05/31 | ||
| 83 | 单菌 | VIBRANT | 病毒序列注释工具 | 2024/07/01 | ||
| 84 | 单菌 | PhaBOX | 病毒类型判断 | 2024/07/01 | ||
| 85 | 单菌 | OrthoFinder | 单拷贝基因分析 | 2024/07/09 | ||
| 86 | 单菌 | EasySpeciesTree | 物种系统发育树的构建（基于单拷贝分析结果） | 2024/06/03 | ||
| 87 | 扩增子 | COI database | 新增COI database | 2024/07/09 | ||
| 88 | 单菌 | ParaAT计算kaks | ParaAT计算kaks | 2024/08/01 | ||
| 89 | 单菌 | PAML计算dN/dS | PAML计算dN/dS | 2024/08/01 | ||
| 90 | 宏基因组 | GTDB-tk | MAG建树 | 2024/09/01 | ||
| 91 | 宏基因组 | MetaWRAPV2.0 | 更新流程 | 2024/09/28 | ||
| 92 | 宏基因组 | fore—binning | 用于binning前评估的流程操作 | 2024/9/30 | ||
| 93 | 单菌 | cgMLST | 流程优化 | 2024/10/09 | ||
| 94 | 单菌 | DeepARG | 抗性基因注释软件，该软件整合了CARD，ARDB和UNIPROT的结果 | 2024/10/16 | ||
| 95 | 单菌 | mmseqs2 | 搭建RefSeq中Viral数据库 | 2024/10/22 | ||
| 96 | 单菌 | PhaGCN2.0 | 病毒序列注释 | 2024/10/22 | ||
| 97 | 单菌 | CheckV | 病毒序列注释 | 2024/10/22 | ||
| 98 | 单菌 | vRhyme | 病毒分箱工具 | 2024/10/23 | ||
| 99 | 单菌 | VirSorter2 | 病毒序列注释 | 2024/10/23 | ||
| 100 | 宏基因组 | MetaCHIP检测菌群中的横向转移基因 | 基于Binning结果和GTDB-tk注释结果 | 2024/11/05 | ||
| 101 | 宏基因组 | StrainPhlAn | 判定宏基因组项目子代物种与母本传播关联 | 2024/11/05 | ||
| 102 | 单菌 | CRISPRCasFinder | CRISPRCas鉴定 | 2024/11/06 | ||
| 103 | 单菌 | seroba | 血清型鉴定 | 2024/12/31 | ||
| 104 | 单菌 | 空 | 空 | 2024/10/09 | ||
| 105 | 单菌 | 空 | 空 | 2024/10/09 | ||
| 106 | 单菌 | 空 | 空 | 2024/10/09 | ||
| 107 | 单菌 | 空 | 空 | 2024/10/09 | ||
| 108 | 单菌 | 空 | 空 | 2024/10/09 |
微生物售后流程优化.txt · 最后更改: 2024/12/31 02:43 由 yaoyuanyuan
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